實驗室建設牽頭單位為福建農林大學，這是福建省屬高校牽頭建設的唯一一所全國重點實驗室，是聯合中國農業大學、南京農業大學在“省部共建閩臺作物有害生物生態防控國家重點實驗室”的基礎上進行重組而成。

首屆學術委員會由23名院士和知名專家組成，中國科學院院士康樂任主任。與會學術委員會成員結合各自研究領域對實驗室的建設方案、研究方向展開討論并提出建設性意見。

實驗室明確，將緊緊圍繞生物安全、糧食安全等國家重大戰略需求，聚焦農林重大有害生物和入侵生物成災與控制關鍵問題開展深入研究，有效抑制農林重大有害生物在我國的高發勢頭，以高水平科技自立自強筑牢我國農林生物安全防線。