“考古科學教育部重點實驗室”由考古文博學院牽頭建設，實驗室主任為吳小紅教授。實驗室圍繞“建設中國特色中國風格中國氣派的考古學”這一重大戰略任務，基于北京大學科技考古的深厚基礎，充分發揮多學科交叉融合優勢，運用科學技術提供的新手段新工具，提高考古工作發現和分析能力，探索科技考古的新型研究模式。實驗室布局考古年代學、環境和生業考古學、生物考古學、考古材料學四個研究方向，力爭為中華文明探源研究貢獻力量，進一步回答好中華文明起源、形成、發展的重大問題。 

“重大疾病流行病學教育部重點實驗室”由公共衛生學院牽頭建設，實驗室主任為詹思延教授。實驗室堅持面向世界科技前沿和人民健康國家重大戰略需求，圍繞具有公共衛生學意義的重大慢性病和傳染病，以慢性病流行病學、傳染病流行病學、大數據驅動的研究設計與分析技術、循證評價與決策為重點研究方向，以實現人群為基礎的重大疾病科學防控、促進公眾健康為核心目標，以流行病學為核心方法，以公共衛生的數字化轉型為發展導向，以循證評價和循證決策為支撐，開展系列研究，服務健康中國建設。